Сергей Гапликов родился 29 апреля 1970 года в г.Фрунзе в семье потомственных казаков. Все детство провёл в Сибири и на Дальнем Востоке: родители строили Байкало-Амурскую магистраль (БАМ).
В 1988-89 годах служил в Воздушно-Десантных Войсках, рота разведки отдельной десантно-штурмовой бригады. Демобилизовался в звании «гвардии старшина».
Три высших образования: в 1996 году окончил Московский государственный технический университет им.Н.Э.Баумана (МГТУ) по специальности «Газодинамические импульсные устройства»; МГИМО, специальность «Юрист-специалист в области государственного строительства и управления»; в 2000 году - Всероссийскую академию внешней торговли по специальности «Мировая экономика».
Трудовую деятельность начал в 1995 году инженером-конструктором в Научно-исследовательском Машиностроительном институте в Москве, ещё будучи студентом.
С 1996 года работал на различных должностях в Префектуре Восточного административного округа г.Москвы, а с 2000 года - в Министерстве экономического развития и торговли Российской Федерации.
В апреле 2004 года по приглашению главы Чувашской Республики Н.В.Федорова возглавил работу Правительства региона.
В 2010 году назначен заместителем Руководителя Аппарата Правительства России.
В 2011 году решением Председателя Правительства РФ В.В.Путина назначен Президентом Государственной корпорации «Олимпстрой», работой которой руководил вплоть до завершения строительства всех олимпийских объектов и окончания Олимпиады.
За большой вклад в организацию подготовки и проведения XXII Олимпийских и XI Параолимпийских зимних игр 2014 года в Сочи и обеспечение успешного выступления сборных команд России награжден Орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени.
30 сентября 2015 года указом Президента РФ В.В.Путина назначен временно исполняющим обязанности Главы Республики Коми.
18 сентября 2016 года избран на всенародных выборах Главой Республики Коми. 22 сентября 2016 года вступил в должность Главы Республики Коми.
Женат, в 2015 году супруги отметили «серебряную свадьбу». В крепкой семье Гапликовых двое детей: дочь - студентка и сын - школьник.