Руководство оперативным штабом возложено на вице-губернатора Санкт-Петербурга – руководителя Администрации Губернатора Санкт-Петербурга Валерия Пикалёва. Заместителями руководителя штаба назначены руководитель Управления федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Санкт-Петербургу Наталия Башкетова, вице-губернаторы Санкт-Петербурга Анна Митянина и Максим Соколов. В состав штаба вошли вице-губернатор Евгений Елин, председатель Комитета по здравоохранению Дмитрий Лисовец, председатель Юридического комитета Администрации Губернатора Санкт-Петербурга Екатерина Аксенова, представители ГУ МВД по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области, Росгвардии, МЧС, Управления на транспорте МВД России в СЗФО, Управления ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградкой области, Пограничного управления ФСБ, Октябрьской железной дороги и других ведомств. На штаб возложены задачи координации деятельности исполнительных органов государственной власти Санкт-Петербурга и территориальных органов федеральных органов государственной исполнительной власти по профилактике и контролю за распространением коронавирусной инфекции, выработке оперативных мер по недопущению ее возникновения.